Bio Informatician_バイオインフォマティクスの解析担当者

・Quality evaluation of genome-edited cells using Whole Genome Sequence analysis (analysis of fastq.gz read data). ・RNA-seq analysis, pathway analysis, scRNA-seq analysis, ATAC-seq analysis, and Perturb-seq analysis targeting human cells and bacteria. ・Optimization of genome design using machine learning, deep learning, and large language models. ・Utilization and management of AWS cloud servers. ・Utilization of lab automation (automated cell culture system). 株式会社Logomixはゲノム編集技術プラットフォームであるGeno-Writing™をベースに、ヒトやバクテリアの創薬・高機能化・物質生産に取り組む合成生物学ベンチャー企業です。我々はパートナーである大手企業との共同研究や自社研究において様々な大規模ゲノム改変細胞を作製しておりますが、ゲノム編集技術の正確性を検証する目的や細胞の表現型を解析する上で次世代シークエンサー（NGS）解析が重要な技術です。弊社が行っている様々なNGS解析を中心としてバイオインフォマティクス業務をご担当いただきます。 ■想定される業務内容 ・Whole Genome Sequence解析によるゲノム編集細胞の品質検査（fastq.gzリードデータの解析） ・ヒト細胞・バクテリアを対象としたRNA-seq解析/パスウェイ解析/scRNA-seq解析/ATAC-seq解析/Perturb-seq解析 ・機械学習・深層学習・言語モデルによるゲノムデザインの最適化 ・AWSクラウドサーバーの利用・運用 ・ラボオートメーション（自動細胞培養装置）の活用

・Experience in bioinformatics analysis, especially Whole Genome Sequencing and RNA-seq. ・Experience in using the command-line interface. ・Programming experience (Python/R experience is mandatory, shell script/MySQL/Postgres experience is a plus). ・バイオインフォマティクス解析（特にWhole Genome SequencingおよびRNA-seq）の経験 ・コマンドラインインターフェースの利用経験 ・プログラミング経験 (Python/Rの経験は必須、shell script/MySQL/Postgresの経験は歓迎)

・Experience in data manipulation and bioinformatics analysis on AWS. ・Practical experience as a system/infrastructure engineer (maintenance of AWS cloud servers or on-premise servers, etc.). ・Experience in machine learning, deep learning, LLM development, or MLOps. ・TOEIC score of 700 or higher. ・A minimum of 3 years of relevant work experience. ・AWS上のデータ操作・バイオインフォマティクス解析の経験 ・システム/インフラエンジニアの実務経験 (AWSクラウドサーバー・オンプレサーバーの保守など) ・機械学習/深層学習/LLM等の開発/MLOpsの経験

・次世代の細胞治療開発・高機能微生物の創出といった価値創出へ共に挑んでくれる方 ・チームでの協調性がある方 ・失敗や残念なことも報告/連絡/相談できる方 ＜企業詳細＞ ・会社概要：株式会社Logomixは大規模ゲノム改変技術プラットフォームであるGeno-Writing™をベースに、ヒトやバクテリアの創薬・高機能化・物質生産に取り組む合成生物学スタートアップです。Logomixの技術の優位性は、ノーベル賞を受賞したCRISPR（クリスパー）など従来のゲノム編集技術単独では不可能なレベルで、より大規模かつ自由自在にゲノム改変が可能な点にあることです。この技術で世界のあらゆる産業に貢献することを目指します。 ・事業体制：経営戦略や事業開発を担う米国のチームを作っており、世界的なKOL（Key Opinion Leader）方々をAdvisory Boardに入れるなど、常に国際的な最前線の知見をもとにした事業判断を実現しています。 ・組織：企業や大学からレベルの高い研究員を集めています。皆で情報や意見を出し、共に議論し共に決定していくティール組織を目指しています ・報酬：業界トップクラスの給与水準を目指しており、弊社に入社した多くの研究員が年収アップを実現しています。新たなキャリアステージとして、収入面でもさらなる成長を期待いただける環境です。また入社後は、半年に1回の面談と、20項目以上の能力開発項目を通じて、自己の改善点や評価されているポイントを明確化することで、自己成長やキャリアアップを目指していただけます。 ・R&D：研究員は裁量労働制。またSenior scientist以上の研究員には、研究員１人に対して技術員が１名つくように採用をしています。バイオインフォマティシャンの力も借りながら、研究の自動化、効率化を進めています。 ＜組織（2025年1月現在22名）＞ R&Dの例： ・製薬大手（米国拠点）→Logomixで創薬事業の海外事業戦略およびvivo試験を担当 ・バイオスタートアップ→Logomixで創薬事業を統括 ・東京工業大学（現 東京科学大学）相澤研究室PhD→Logomixでゲノムエンジニアリングチームを統括 ・大手飲料・医薬品メーカー（医薬品研究所/微生物研究所）→Logomixでバイオインフォマティクス 事業開発の例： ・大手外資コンサルファームおよびバイオスタートアップCOO→Logomixで事業開発 <弊社リリース・発表＞ ・Engineered yeast breaks new record: a genome with over 50% synthetic DNA (https://www.nature.com/articles/d41586-023-03495-4) ・人工酵母の実現に前進、複数の染色体を合成　東工大など（https://www.nikkei.com/article/DGXZQOUC0226S0S3A101C2000000/） ・Logomixと味の素がアミノ酸生産で共同研究開発（https://bio.nikkeibp.co.jp/atcl/news/p1/23/07/19/10914/） ・合成生物学系スタートアップのLogomix、創薬で田辺三菱と共同研究（https://bio.nikkeibp.co.jp/atcl/news/p1/21/10/12/08719/） ＜参照論文＞ ・UKiS (Universal Knock-in System) Nature Comm. 13, 4219, 2022 　┗大規模かつ正確なヒトゲノム改変技術を確立　ヒトゲノム非遺伝子領域の完全理解に向けて（https://www.titech.ac.jp/news/2022/064683） ・APLoD (Assembling production of long DNAs) Molecular Cell 83, 4424–4437